Благодаря популярности первого сезона Закрытой школы продюсеры не могли не заказать продолжение этого сериала. К тому же для поклонников было сюрпризом то, что количество серий было увеличено вдвое. Во втором сезоне ученики опять возвращаются после каникул. Даша, Вика, Максим, Андрей и Рома продолжают заниматься расследованием непонятного исчезновения учителя. Ребятам стало понятно, что все мистические события в школе происходят из-за Андрея и Нади. В ходе расследования было выяснено, что мама брата и сестры работала в детском доме, который стоял на месте этой школы. Но никто и не мог подумать, что опасность представляет учитель, который преподает в этой школе. Андрей, расследуя мистические события произошедшие с его семьей, даже не подозревал, что его мама еще жива и находят совсем рядом в заточении. В школе также произошло пополнения, девушка Юля быстро влилась в компанию и помогает в расследовании. Эти и другие события вы сможете увидеть во втором сезоне.